W strukturze Wydziału znajdują się następujące jednostki organizacyjne:

• Katedra Eksploatacji Maszyn, Ergonomii i Procesów Produkcyjnych
• Katedra Inżynierii Bioprocesów, Energetyki i Automatyzacji
• Katedra Inżynierii Produkcji, Logistyki i Informatyki Stosowanej
• Katedra Inżynierii Mechanicznej i Agrofizyki
• Dziekanat
• Zespół laboratoriów Wydziałowych

Zespół Laboratoriów Wydziałowych wspomaga technicznie i administracyjnie poszczególne Instytuty i Katedry Wydziału. Do zakresu obowiązków zespołu należy obsługa administracyjna w zakresie sprawozdawczości naukowej i dydaktycznej, prawidłowe funkcjonowanie pracowni komputerowych, obsługa maszyn znajdujących się na halach maszyn oraz warsztatach, nadzór oraz organizacja pracy podczas praktyk warsztatowych, działania promocyjne na rzecz Wydziału, obsługa Social Mediów Wydziałowych, obsługa fotograficzna.